本文内容来自于：

Wilson G, Aruliah DA, Brown CT, Chue Hong NP, Davis M, et al. (2014) Best Practices for Scientific Computing. PLoS Biol 12(1): e1001745. http://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001745

Software Carpentry (http://software-carpentry.org)

1. 为人编写程序，而不是为计算机

(a) 一个程序不应该要求它的读者一次在内存中保存多个事实。

(b) 使名称一致、独特且有意义。

(c) 使代码风格和格式一致。

2. 让电脑做事

(a) 使计算机重复任务。

• Make (http://www.gnu.org/software/make)

(b) 将最近的命令保存在文件中以供重复使用。

(c) 使用构建工具来自动化工作流程。

3. 进行增量更改

(a) 小步工作，经常反馈和修正路线。

• Dropbox (http://www.dropbox.com)

(b) 使用版本控制系统。

• Git (http://git-scm.com)
• Subversion (http://subversion.apache.org)
• Mercurial (http://mercurial.selenic.com)
• GitHub (https:// github.com)
• BitBucket (https://bitbucket.org)
• SourceForge (http://sourceforge.net)
• Google Code (http://code.google.com)

(c) 将手动创建的所有内容放入版本控制。

4. 不要重复自己（或他人）

(a) 每条数据在系统中都必须有一个单一的权威表示。

(b) 模块化代码而不是复制和粘贴。

(c) 重用代码而不是重写它。

5. 为错误做好计划

(a) 向程序添加断言以检查其操作。

(b) 使用现成的单元测试库。

(c) 将错误转化为测试用例。

(d) 使用符号调试器。

6. 软件运行正常后才能进行优化

(a) 使用分析器来识别瓶颈。

(b) 用尽可能高级的语言编写代码。

7. 记录设计和目的，而不是机制

(a) 记录接口和原因，而不是实现。

(b) 重构代码而不是解释它是如何工作的。

(c) 在该软件中嵌入某个软件的文档。

• Javadoc
• Doxygen
• Sphinx
• knitr
• IPython Notebooks

8. 合作

(a) 使用合并前的代码审查。

(b) 在让新人跟上进度和处理特别棘手的问题时使用结对编程。

(c) 使用问题跟踪工具。

• GitHub include issue tracking tools
• Trac (http://trac.edgewall.org)